具体是用凝胶柱还是用反相柱，要看你的目的是什么。
如果只是想把酶水解的产物有所分离，什么都可以。
如果想把每一个产物得到具体的分离（甚至鉴定序列，那要用反相）。
如果只是想看看酶水解的程度，可以用凝胶，这个相对简单，好分析。

洗脱液用什么，要看具体的蛋白/多肽，因为各种蛋白多肽的极性、溶解性不一样。
至于蒸馏水，一般不用，无论是凝胶柱，还是反相柱，都尽量避免用纯水来洗脱。

半制备和制备的量一般没有明确的数，少量的制备一般就被称为半制备，如果制备的量比较大（具体有多大，可以是g级，也可以是mg级，甚至是Kg级才被成为制备，而非半制备），就称为制备。
有一个是肯定，无论是半制备液相，还是制备液相，其液相色谱分离后的产物是我们想要得到的产物。

如果想用酶水解蛋白，然后再用液相分离水解产物，最后用MS等手段解析水解产物，那这时的制备量可以到ng级就够用了，也就是酶水解蛋白时，蛋白的量有10到20微克就可以了。